Das Nationale Zentrum Frühe Hilfen erfüllt seine Aufgaben in enger Kooperation mit den in Österreich etablierten regionalen Frühe-Hilfen-Netzwerken. Um die regionale Etablierung von Frühen Hilfen bestmöglich unterstützen zu können, wurde ein Frühe-Hilfen-Koordinatorinnen- und Koordinatoren-Board eingerichtet.
Das Nationale Zentrum Frühe Hilfen wird zusätzlich durch einen strategischen Lenkungsausschuss, eine Steuerungsgruppe und einen Fachbeirat begleitet.